Cette fiche a pour but de montrer de nombreuses fonctionnalités qui se trouvent dans le package dygraphs, qui est une interface R d’une bibliothèque de graphiques JavaScript. Celui-ci fournit des fonctions intéressantes pour la création de graphiques à partir de séries chronologiques. Les graphiques générés par ce package sont interactifs et en deux dimensions. Le package permet de zoomer sur les séries temporelles afin d’augmenter la visibilité des graphiques. De plus, il offre la sélection des zones sur le graphique et permet de faire la synchronisation de plusieurs graphiques.
Vous pouvez installer le package dygraphs de la façon suivante :
install.packages("dygraphs", repo="http://cran.rstudio.com/")Pour utiliser le package, il faut d’abord le charger dans la session R avec la commande suivante :
library(dygraphs)Afin de présenter des exemples concrets, nous utiliserons un objet R de classe mts. Cette classe fait référence en anglais à Multivariate Time Series. L’objet est importé à partir du fichier demographieCanada.rds.
demoCanada <- readRDS("demographieCanada.rds")
colnames(demoCanada) <- c("Accr. démographique",
"Accr. naturel",
"Accr. migratoire intl")demoCanada sont présentées ci-dessous. Ces données proviennent de la page web Coup d’oeil sur le Canada 2018 - Population, dans la section « Tableau de données du graphique 1 ». En bref, il s’agit de données d’accroissement démographique au Canada qui sont publiées par Statistique Canada. Les accroissements doivent être interprétées en milliers de personnes.
dygraphsdygraph)Pour créer un graphique, il suffit d’appeler la fonction dygraph en donnant l’objet de classe mts comme premier argument. Tout comme pour un graphique simple en R (par exemple, avec la fonction plot), il est possible de spécifier le titre du graphique et les étiquettes pour les axes x et y avec les paramètres main, xlab et ylab respectivement.
dg <- dygraph(demoCanada,
main = "Accroissement démographique au Canada de 1987 à 2017",
xlab = "Année",
ylab = "Population en milliers")
dgEn spécifiant une valeur commune de l’argument group pour différents graphiques, cela a pour effet de synchroniser le déplacement et le zoom horizontal pour tous les graphiques du groupe.
dygraph(demoCanada[,1], main = "Accroissement démographique", group = "accr")
dygraph(demoCanada[,2], main = "Accroissement naturel", group = "accr")
dygraph(demoCanada[,3], main = "Accroissement migratoire international", group = "accr")%>%Il est conseillé d’ajouter les éléments et options du graphique à l’aide de l’opérateur pipe %>% du package magrittr. Les fonctions du package dygraphs prennent en paramètre un objet de class dygraphs et retournent un objet dygraphs modifié. Supposons qu’on veuille ajouter à l’objet dg trois éléments à l’aide des fonctions fictives dyFct1, dyFct2 et dyFct3. À l’aide de l’opérateur d’assignation <-, la commande nécessite plusieurs lignes et plusieurs assignations pour afficher le graphique modifié :
dg1 <- dyFct1(dg)
dg2 <- dyFct2(dg1)
dg3 <- dyFct3(dg2)
dg3En imbriquant les appels de fonctions, le code peut rapidement devenir difficile à lire s’il y a plusieurs paramètres passés aux fonctions :
dg1 <- dyFct3(dyFct2(dyFct1(dg, param1 = 1, param2 = 7), param3 = "abc"), param4 = 3)
dg1À l’aide de l’opérateur pipe %>% du package magrittr, il est possible de modifier l’objet dygraphs, puis le passer en paramètre à la fonction suivante, sans compromettre la lisibilité du code. La commande peut donc se faire en une (ou plusieurs) ligne de code à l’aide d’une seule assignation et sans rendre le code trop lourd.
dg1 <- dg %>% dyFct1(param1 = 1, param2 = 7) %>% dyFct2(param3 = "abc") %>% dyFct3(param4 = 3)
dg1En chargeant le package dygraphs, l’opérateur pipe %>% du package magrittr est automatiquement importé, ce qui facilite le travail de l’utilisater en lui évitant d’avoir à installer et charger manuellement un package supplémentaire.
dyRangeSelectorLa fonction dyRangeSelector ajoute une fenêtre en-dessous du graphique qui permet de sélectionner un intervalle de temps à afficher dans le graphique. L’argument dateWindow permet de sélectionner l’intervalle affiché par défaut. Les arguments strokeColor et fillColor sont utilisés pour personnaliser les couleurs de la fenêtre de sélection. L’argument height sert à spécifier sa hauteur en pixels.
dg %>% dyRangeSelector(dateWindow = c("2000-01-01", "2010-01-01"),
strokeColor = "red",
fillColor = "navy",
height = 60)La fonction dyRangeSelector peut être utilisée sur un groupe pour synchroniser le déplacement horizontal.
dygraph(demoCanada[,1], main = "Accroissement démographique", group = "accr")
dygraph(demoCanada[,2], main = "Accroissement naturel", group = "accr")
dygraph(demoCanada[,3], main = "Accroissement migratoire international", group = "accr") %>%
dyRangeSelector(height = 15)
dyHighlightLa fonction dyHighlight permet de mettre en valeur une série de données en la survolant avec le pointeur de la souris. L’argument highlightCircleSize indique la taille des points affichés dans le graphique. L’argument highlightSeriesBackgroundAlpha permet de spécifier l’intensité de la couleur des lignes qui ne sont pas mises en évidence, alors que strokeWidth correspond à l’épaisseur de la ligne mise en évidence. Lorsque l’argument hideOnMouseOut est TRUE, la figure reprend son apparence originale lorsque le pointeur quitte le graphique, alors que si l’argument est FALSE, la mise en évidence de la ligne persiste même si le pointeur a quitté le graphique.
dg %>%
dyHighlight(highlightCircleSize = 5,
highlightSeriesBackgroundAlpha = 0.2,
highlightSeriesOpts = list(strokeWidth = 3),
hideOnMouseOut = TRUE)dyShadingLa fonction dyShading permet de mettre une région du graphique en évidence en modifiant la couleur de l’arrière-plan. Les arguments from et to représentent respectivement les bornes inférieure et supérieure de l’intervalle à colorer. Le paramètre color permet de spécifier la couleur de l’arrière-plan pour la région indiquée. Pour modifier plusieurs régions du graphique, il faut faire plusieurs appels successifs de la fonction dyShading.
dg %>%
dyShading(from = "1987-1-1", to = "1988-2-1",
color = rgb(red = 0.85, green = 0.85, blue = 0.93, alpha = 0.8)) %>%
dyShading(from = "1989-12-1", to = "1995-11-1",
color = rgb(red = 0.85, green = 0.85, blue = 0.93, alpha = 0.8))dyEventLa fonction dyEvent permet de mettre en évidence un événement en ajoutant une ligne verticale sur le graphique. L’argument x spécifie la valeur en abscisse où la droite sera ajoutée, l’argument label spécifie l’étiquette de la droite, labelLoc spécifie la position de l’étiquette parmi "top" et "bottom", color indique la couleur de la droite et strokePattern spécifie le type de ligne parmi "dotted", "dashed", "dotdash", "solid" ou tout autre motif personnalisé sous la forme d’un vecteur numérique.
dg %>% dyEvent(x = "2000-02-29",
label = "Première version officielle de R",
labelLoc = "top",
color = "blue",
strokePattern = c(15,5,7,5))dyLimitLa fonction dyLimit permet, de façon similaire à la fonction dyEvent, de mettre en évidence une valeur dans le graphique en ajoutant une ligne horizontale. L’argument limit permet de spécifier la valeur en ordonnée où la droite sera ajoutée. Les valeurs possibles pour l’argument labelLoc sont "left" et "right".
dg %>% dyLimit(limit = 350,
label = "Accroissement de 350 000",
labelLoc = "left",
color = "red",
strokePattern = "dotted")dyOptionsLa fonction dyOptions contient une panoplie d’arguments permettant de modifier les graphiques. Les différentes options présentées peuvent être combinées dans un seul appel de la fonction dyOptions.
stepPlotL’option stepPlot permet d’afficher le graphique sous forme de paliers plutôt qu’un tracé linéaire. Il est possible de l’appliquer pour toutes séries du graphique ou pour une seule.
dg %>% dyOptions(stepPlot = TRUE)drawPointsL’option drawPoints rend les points du jeu de données visibles sur le graphique.
dg %>% dyOptions(drawPoints = TRUE, pointSize = 2)axisLineWidthL’option axisLineWidth permet de modifier la largeur du trait de l’axe des x et des y.
dg %>% dyOptions(axisLineWidth = 2.5)axisLineColorL’option axisLineColor modifie la couleur du trait de l’axe des x et des y.
dg %>% dyOptions(axisLineColor = "red")fillGraphL’option fillGraph remplit d’une couleur l’espace entre les axes et les séries lorsque sa valeur est TRUE.
dg %>% dyOptions(fillGraph = TRUE)includeZeroL’option includeZero assure que l’axe des y est mis à l’échelle à partir de zéro plutôt que dans le bas de la plage de valeurs.
dg %>% dyOptions(includeZero = TRUE)stackedGraphL’option stackedGraph permet d’empiler des séries les unes sur les autres. La première série spécifiée dans le jeu de données sera positionnée en haut, ainsi de suite jusqu’à ce que la dernière soit celle en bas du graphique.
dygraph(demoCanada[, c("Accr. migratoire intl", "Accr. naturel")],
main = "Accroissement démographique au Canada de 1987 à 2017",
xlab = "Année",
ylab = "Population en milliers") %>%
dyOptions(stackedGraph = TRUE, includeZero = TRUE)dySeriesLa fonction dySeries permet de sélectionner une série d’un graphique et de la caractériser via des options. Lorsque les options ne sont pas explicitement spécifiées, les paramètres par défaut sont déterminés par la fonction dyOptions. L’argument name sert à spécifier à quelle série nous voulons apporter les modifications. Sa valeur doit correspondre au nom qu’elle possède dans le jeu de données. L’option drawPoints rend les points du jeu de données visibles sur le graphique et on peut changer la taille de chacun de ces points avec l’option pointSize, comme nous l’avons déjà illustré avec la fonction dyOptions. Les arguments suivants, que nous avons aussi vus précédemment, peuvent être utilisés : color, stepPlot, fillGraph, strokeWidth et strokePattern. De plus, l’argument strokeBorderWidth trace une bordure, blanche par défaut, autour de la ligne de la série. Cette option a l’avantage de faciliter la distinction des séries lorsqu’elles se croisent. On peut changer la couleur de cet ajout de bordure avec strokeBorderColor.
dg %>%
dySeries(name = "Accr. naturel",
# stemPlot = TRUE,
drawPoints = TRUE,
pointSize = 4) %>%
dySeries(name = "Accr. migratoire intl",
strokeBorderWidth = 3,
strokeBorderColor = "cyan")axisL’option axis permet de choisir quel axe des y on veut associer à la série. Si la valeur du paramètre est "y", l’axe choisit sera l’axe des y habituel que l’on retrouve à gauche et si la valeur du paramètre est "y2", l’axe des y apparaitra à droite. Attention, si la valeur est "y2", l’intervalle de cet axe sera spécifique à la série choisie et indépendante de l’intervalle de l’axe des y situé à gauche.
dg %>%
dySeries(name = "Accr. naturel",
stepPlot = TRUE,
drawPoints = TRUE,
pointSize = 4,
axis = "y2")dyAxisLa fonction dyAxis ressemble à la fonction dyOption, mais elle propose de personnaliser l’affichage différemment pour chacun des axes.
labelOn peut nommer le nom de chacun des axes avec l’option label.
dg %>%
dyAxis("x", label = "Année") %>%
dyAxis("y", label = "Population en millers")valueRangeL’option valueRange est pour spécifier l’intervalle de l’axe des y.
dg %>%
dyAxis("y", valueRange = c(20,550))drawGrid et gridLineColorL’option drawGrid fait apparaître, en arrière-plan du graphique, des lignes verticales si la valeur est TRUE pour l’axe des x, ou des lignes horizontales si la valeur est TRUE pour l’axe des y. On peut ensuite spécifier une couleur pour les lignes de la grille avec l’option gridLineColor.
dg %>%
dyAxis("x",
drawGrid = TRUE,
gridLineColor = "green") %>%
dyAxis("y",
drawGrid = TRUE,
gridLineColor = "red")dyLegendLa fonction dyLegend offre plusieurs options pour personnaliser l’apparence et le comportement de la légende du graphique.
showL’option show permet de changer l’affichage de la légende. Les valeurs possibles sont: "auto", "always", "onmouseover", "follow" ou "never". Alors, la légende peut-être visible en haut à droite, de manière automatique, en tout temps, seulement lorsque la souris est sur le graphique. La légende peut aussi suivre le pointeur de la souris ou ne jamais s’afficher.
dg %>% dyLegend(show = "follow")hideOnMouseOutL’option hideOnMouseOut indique si la légende doit ou non être masquée lorsque le pointeur de la souris quitte la zone de graphique. Si la valeur est FALSE, c’est la dernière valeur qui a été indiquée avec la souris qui reste affichée dans la légende.
dg %>% dyLegend(hideOnMouseOut = FALSE)widthL’option width définit la largeur que prendra la légende, en pixels.
dg %>% dyLegend(width = 600)Le package dygraphs offre une variété de graphiques interactifs attrayants qui se manipulent aisément dans R Markdown. L’un des points forts est la facilité d’utilisation des fonctions présentes dans ce package. De plus, les options proposées sont multiples et elles sont flexibles. La qualité des graphiques et l’apparence sont soignées. Il y a plusieurs autres types de graphiques qui sont suggérés dans ce package que nous n’avons pas précisé dans cette présentation, mais qui méritent d’être connus. Bref, c’est un package surprenant et même si ses fonctionnalités sont principalement créées par JavaScript, aucun problème n’a été rencontré lors de la production des graphiques. Le seul point négatif est que l’interaction de ces graphiques n’est pas accessible dans les formats PDF, il faut donc privilégier l’utilisation de formats HTML.